Carlos Núñez comenzó su carrera profesional en Andersen Consulting (actual Accenture). En el año 2000 pone en marcha junto con otros socios la startup de internet Verticalia, el primer integrador vertical de portales sectoriales para España y Latinoamérica. En 2001 se incorpora a Unión Fenosa dentro del área de inversiones, compañía en la que también trabajó en el departamento de Desarrollo y Estrategia Corporativa hasta 2005. Ese año, Núñez ficha por la firma internacional de consultoría estratégica Oliver Wyman, donde fue nombrado socio en 2012. Durante este periodo el Presidente Ejecutivo de PRISA Media desarrolló numerosos proyectos de estrategia y finanzas en los sectores de medios de comunicación, energía y telecomunicaciones, tanto a nivel nacional como internacional.

En 2014 se incorpora al grupo Henneo y un año después es nombrado director general de este grupo español de comunicación, así como miembro de los Consejos de Administración de Factoría Plural, Radio Zaragoza, Publicaciones y Ediciones del Alto Aragón, Diximedia y de la compañía de IT Hiberus, cargos que abandonó al incorporarse a PRISA. También es consejero independiente de Catenon, compañía cotizada en el MAB.

Carlos es Ingeniero de Telecomunicaciones por la Universidad Politécnica de Valencia, Executive MBA por el IESE, PA en Corporate Finance por el IE y PADDB+ por The Valley Digital Business School.